Ερευνητικά άρθρα και επιστημονική πληροφόρηση για τον COVID-19

Εκδοτικοί οίκοι

H Clarivate Analytics, δημιουργός του Web of Science, έχει δημιουργήσει ειδική ιστοσελίδα για τον κορωνοϊό με άρθρα, πηγές και νέα. Παράλληλα, το ερευνητικό της τμήμα συνέταξε μια σύντομη αναφορά σχετικά με τον κορωνοϊό για τους ερευνητές των Επιστημών Υγείας. Αντίστοιχες υπηρεσίες ενημέρωσης και ελεύθερης πρόσβασης σε άρθρα έχουν δημιουργήσει:

• οι εκδοτικοί οίκοι
  • American Chemical Society,
  • American Institute of Physics,
  • American Psychological Association,
  • American Thoracic Society,
  • Bioscientifica,
  • Cambridge University Press,
  • Elsevier,
  • Emerald Publishing,
  • IEEE,
  • Karger,
  • Oxford University Press,
  • Royal Society,
  • Royal Society of Chemistry και επιλογή άρθρω από το ChemistryWorld,
  • SAGE,
  • Springer Nature,
  • Society for Industrial and Applied Mathematics Epidemiology Center,
  • Taylor & Francis,
  • Wiley, και
  • Wolters Kluwer,
• το Annual Reviews,
• το JAMA Network (Journals of the American Medical Association),
• το Cell Press,
• τα περιοδικά της American Society for Microbiology (το πληροφοριακό κέντρο της βρίσκεται εδώ),
• τα περιοδικά της Healthcare Infection Society,
• το European Respiratory Society, το οποίο παρέχει επίσης τα ERS Respiratory Digests,
• το BMJ (British Medical Journal),
• το PNAS – Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA,
• το PLOS,
• το Science,
• το The New England Journal of Medicine, και
• το The Lancet.

Βάσεις δεδομένων και αποθετήρια

H National Library of Medicine έχει δημιουργήσει σχετική ενότητα στην ιστοσελίδα της, στην οποία υπάρχουν -ενδεικτικά- πηγές για κλινικές δοκιμές και βιβλιογραφία για τις επείγουσες συνθήκες δημόσιας υγείας, ενώ στο αποθετήριο ερευνητικών δεδομένων GemBank, οι ερευνητές μπορούν να ‘κατεβάζουν’ ερευνητικά δεδομένα. Στην PubMed μια σχετική αναζήτηση για άρθρα σε πλήρη μορφή και με ελεύθερη πρόσβαση επιστρέφει 91.712 άρθρα (τελευταία ενημέρωση, 14:02, 1 Απριλίου 2020). Αντίστοιχη βάση έχει αναπτύξει το EuropePMC.

Για να βοηθήσει τους ερευνητές να αναζητούν ταυτόχρονα ελεύθερα άρθρα για το θέμα από πολλές και διαφορετικές πηγές, τo ScienceOpen έχει δημιουργήσει τη θεματική συλλογή Novel Coronavirus Disease COVID-19. Αυτή τη στιγμή (τελευταία ενημέρωση, 14:023 1 Απριλίου 2020) έχουν συγκεντρωθεί 127.891 επιστημονικά άρθρα, εκ των οποίων κάποια είναι προ-δημοσιεύσεις (pre-prints) σε ερευνητικά αποθετήρια, βλ. medRxiv και bioRxiv.

Μια ακόμη αξιόλογη προσπάθεια συγκομιδής πηγών, αλλά και ενημερωτικών άρθρων, έχει δημιουργήσει το Scitrus, μια εφαρμογή της Atypon που βασίζεται στην τεχνητή νοημοσύνη και προσομοιάζει των χρονολόγιων των μέσων κοινωνικής δικτύωσης.

Η βάση δεδομένων BioOne Complete παρέχει πρόσβαση σε πάνω από 200 άρθρα επιστημονικών περιοδικών που ευρετηριάζει.

Η βάση δεδομένων protocols.io έχει επίσης δημιουργήσει μια κοινότητα όπου αναρτώνται ερευνητικά πρωτόκολλα, τα οποία αξιολογούνται από ειδικούς και αναλόγως προτείνονται ή απορρίπτονται.

Πρωτόκολλα διατίθενται και από την υπηρεσία SpringerNature Experiments.

Το COVID-19 Protein Portal είναι μια πρωτοβουλία Ανοικτής Επιστήμης που επιτρέπει στους επιστήμονες να μοιράζονται πρωτεϊνικά αντιδραστήρια που σχετίζονται με το SARS-CoV-2. Στο πνεύμα της Ανοικτής Επιστήμης, το COVID-19 Protein Portal παρέχει τα αντιδραστήρια δωρεάν. Προκειμένου όμως να μεγιστοποιηθεί η καλύτερη χρήση των πόρων, οι ερευνητές καλούνται να παράσχουν μια σύντομη ερευνητική πρόταση που να περιγράφει τον τρόπο με τον οποίο θα χρησιμοποιηθούν.

Οι εταιρείες d-wise και η Vivli συνεργάζονται για να επιταχύνουν τον διαμοιρασμό δεδομένων για τον COVID-19 και παραιτούνται από τα τέλη για ανωνυμοποίησης, κοινής χρήσης, αρχειοθέτησης και πρόσβασης σε όλες τις κλινικές δοκιμές που σχετίζονται με τον COVID-19. Η πρόσβαση στην πλατφόρμα της Vivli είναι ελεύθερη, αλλά απαιτεί πρώτα εγγραφή.

Η πλατφόρμα Meta αναπτύχθηκε με σκοπό να στηρίξει την βιοϊατρική έρευνα μειώνοντας το χρόνο αναζήτησης και βελτιώνοντας την ακρίβεια των αποτελεσμάτων. Η πλατφόρμα χρησιμοποιεί τεχνικές μηχανικής μάθησης για να μπορεί να εντοπίζει, να αναλύει και να διασυνδέει αυτόματα τις πιο πρόσφατες βιοϊατρικές προδημοσιεύσεις και εργασίες μεταφέροντας τη σχετική έρευνα στις τροφοδοτήσεις (feeds) του χρήστη, ακόμη και στο κινητό του, αλλά και αποστέλλοντας την κατευθείαν στο ηλεκτρονικό του ταχυδρομείο. Ανάμεσα στις τροφοδοτήσεις υπάρχουν και για τον COVID-19.

Υπολογιστικές υποδομές

Το Research Infrastructures and COVID-19 Research είναι ένα σημείο συγκέντρωσης των Ευρωπαϊκών ερευνητικών υποδομών, οι οποίες διαθέτουν υπολογιστικούς πόρους, υπηρεσίες και εργαλεία σε ερευνητές άλλων ομάδων για την εκτέλεση εργασιών ανάλυσης δεδομένων κατά του κορωνοϊου.

Το ΕΔΕΤ παρέχει πόρους πληροφορικής για την εκτέλεση εργασιών προσομοίωσης και μοντελοποίησης, καθώς και για την επεξεργασία δεδομένων και τεχνητή νοημοσύνη. Εάν είστε ερευνητής ή/και μέλος ερευνητικής ομάδας στην Ελλάδα, μπορείτε να αιτηθείτε άμεσα πρόσβαση στο Εθνικό Σύστημα HPC ARIS https://hpc.grnet.gr για την υποστήριξη της έρευνας σας για τον COVID-19 επικοινωνώντας με τον φορέα στη διεύθυνση hpc-info [at] lists.grnet.gr.

Το ELIXIR, ένας οργανισμός που συνδέει τα επιμέρους εθνικά κέντρα βιοπληροφορικής και το EMBL-EBI σε μια ενιαία Ευρωπαϊκή ερευνητική υποδομή για την έρευνα στις Επιστήμες Ζωής, διαθέτει μια σειρά από υπηρεσίες και δεδομένα, μεταξύ των οποίων και υπολογιστικές υποδομές. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον έχουν τα εργαλεία και οι λύσεις λογισμικού που διατίθενται σε σχετική ιστοσελίδα.

Το Jack Ma Foundation και το Alibaba Foundation ίδρυσαν από κοινού το πρόγραμμα Global MediXchange για την καταπολέμηση του COVID-19, με την υποστήριξη του Alibaba Cloud Intelligence και του Alibaba Health. Στο Global MediXchange οι ερευνητές μπορούν (α) να κατεβάσουν σειρά εγχειριδίων από Κινέζους ιατρούς και νοσηλευτές που εργάζονται σε περιοχές έξαρσης του ιού, (β) να βρουν μια εφαρμογή για την επικοινωνία ερευνητών και νοσοκομειακού προσωπικού σε παγκόσμιο επίπεδο, και (γ) να ζητήσουν πρόσβαση σε ένα σύνολο προηγμένων υπολογιστικών συστημάτων για την επιτάχυνση της ανάπτυξης φαρμάκων και εμβολίων και τη βελτίωση της διαγνωστικής απεικόνισης και τον εντοπισμό του ιού.

Συστηματικές επισκοπήσεις

Δύο ενότητες άρθρων και πιο συγκεκριμένα συστηματικών επισκοπήσεων (systematic reviews) παρέχει η Cochrane Library με την πρώτη να ονομάζεται Coronavirus (COVID-19): evidence relevant to critical care και τη δεύτερη Coronavirus (COVID-19): infection control and prevention measures. Παράλληλα έχει δημοσιεύσει ιστοσελίδα με ενημερώσεις για τον κορωνοϊό, ενώ διατηρεί ανοικτή και την πρόσβαση σε μια βάση εγγραφής μελετών (study register).

Η πλατφόρμα Covidence δίνει πρόσβαση στους ερευνητές στις συστηματικές της επισκοπήσεις, αφού όμως πρώτα επικοινωνήσουν με το email support@covidence.org για την παροχή δωρεάν πρόσβασης.

Βίντεο και εικόνες

Ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας έχει δημιουργήσει ένα κανάλι ανοικτών και δωρεάν μαθημάτων για τους επαγγελματίες και ερευνητές του κλάδου υγείας. Για να εγγραφεί κάποιος σε κάποιο μάθημα, όπως ενδεικτικά το “WHO Critical Care Severe Acute Respiratory Infection Training”, ή το “Clinical management of patients with COVID-19 – General considerations” χρειάζεται απλά να δημιουργήσει έναν κωδικό στην πλατφόρμα του Π.Ο.Υ.

To Protein Data Bank έχει δημιουργήσει μια ενότητα με εικονογραφήσεις και τρισδιάστατες μοντελοποιήσεις μοριακών δομών για την κατανόηση του COVID-19 και την αντιμετωπισή του.

Ερευνητικά δεδομένα

Το WikiData έχει δημιουργήσει το δικό του -περιεκτικό- κέντρο πληροφόρησης για τα ερευνητικά δεδομένα αναφορικά με τον COVID-19.

Πλήθος ερευνητικών δεδομένων επιδημιολογίας διαθέτει δωρεάν, αλλά κατόπιν εγγραφής στο σύστημα του, το GISAID Initiative, Global Initiative on Sharing All Influenza Data, απ’ όπου προέρχεται και η εικόνα (η οπτικοποίηση έγινε με το ανοικτό λογισμικό Nextstrain).

Το ZB MED – Information Centre for Life Sciences έχει δημιουργήσει έναν “περιηγητή” γονιδιώματος (genome browser) που επιτρέπει σε κάποιον να εξερευνήσει την ακολουθία  του στελέχους SARS-CoV-2 wuhCor1 (NC_045512v2), ενώ παράλληλα διαθέτει και μηχανισμούς για την εξερεύνηση στοιχισμένων ακολουθιών.

Βασισμένη στις υπηρεσίες του EMBL-EBI και του ELIXIR η Ευρωπαϊκή Επιτροπή έχει αναπτύξει τη δική της πύλη δεδομένων, με ακολουθίες, πρωτεϊνικές δομές, βιβλιογραφία, κλπ.

Ένα σύνολο δεδομένων, το οποίο ενημερώνεται δυναμικά, από το Korea Centers for Disease Control & Prevention της Νότιας Κορέας βρίσκεται διαθέσιμο εδώ, ενώ ένα αντίστοιχο για την Ιαπωνία βρίσκεται εδώ εδώ, το οποίο τροφοδοτεί την οπτικοποίηση για την καταγραφή των κρουσμάτων στη χώρα.

Στην ελεύθερη έκδοση της βάσης δεδομένων Dimensions δίνονται σύνδεσμοι προς χιλιάδες άρθρα, αλλά το πιο σημαντικό χαρακτηριστικό είναι η συγκομιδή ερευνητικών δεδομένων από διάφορα αποθετήρια, όπως το FigShare και το Zenodo. Παρόμοια συλλογή ερευνητικών δεδομένων διαθέτει και η πλατφόρμα Lens στο Human Coronaviruses Data Initiative.

Ερευνητές Πανεπιστημίων εγνωσμένης αξίας (βλ. Harvard Medical School, University of Oxford, Institut Paster, κοκ) έχουν αναρτήσει στο GitHub ένα αρχείο δεδομένων με εργαστηριακά επιβεβαιωμένες περιπτώσεις ασθενείας, το οποίο περιγράφουν σε επιστολή τους προς το περιοδικό The Lancet. Με βάση αυτά τα στοιχεία έχουν δημιουργήσει διαδραστικό χάρτη αναφοράς περιστατικών.

Επίσης, ένα αρχείο δεδομένων με γενετικές ακολουθίες για τον κορωνοϊό που έχει δημιουργήσει το National Center for Biotechnology Information βρίσκεται στο Wolfram Data Repository, το οποίο μάλιστα έχει δημιουργήσει το δικό του κέντρο ενημέρωσης.

Ερευνητές μηχανικής μάθησης έχουν δημιουργήσει ένα δυναμικό σύστημα προσομοίωσης των κρουσμάτων του ιού με βάση το επιδημιολογικό μοντέλο SEIR (Susceptible → Exposed → Infected → Removed).

Ένα σώμα κειμένων με πάνω από 280.000 επιστημονικά άρθρα για τον κορωνοϊό, συμπεριλαμβανομένων πάνω από 13.000 με πλήρες κείμενο, έχει συλλεχθεί από διάφορες πηγές και παρέχεται ενιαία από το Allen Institute for AI.  Αυτό το σώμα κειμένων, που θα ενημερώνεται εβδομαδιαίως, προορίζεται να κινητοποιήσει τους ερευνητές για να εφαρμόσουν καινοτόμες τεχνικές εξόρυξης πληροφορίας και να παράξουν νέες ιδέες για την υποστήριξη της καταπολέμησης της μολυσματικής αυτής νόσου. Μαζί παρέχονται διάφορα εργαλεία εξόρυξης πληροφορίας. Με βάση αυτό το σύνολο δεδομένων, ερευνητές του Ερευνητικού Κέντρου “Αθηνά” παρέχουν μέσα από το εργαλείο BIP! Finder for CoVID-19 μια αξιολογική κατάταξη των εργασιών με βάση δείκτες βραχυχρόνιας και μακροχρόνιας απήχησης.

Χάρτες αναφοράς και δελτία κατάστασης

Αντίστοιχοι χάρτες αναφοράς με αυτόν που έχει ενσωματωμένο το GISAID διαθέτει ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας, ο οποίος μεταξύ πολλών άλλων δίνει ημερήσια δελτία της κατάστασης, το Τμήμα Πολιτικής Προστασίας της Ιταλικής Κυβέρνησης, το ισπανικό Υπουργείο Υγείας, η Βρετανική Κυβέρνηση, το Chinese Center for Disease Control and Prevention και το John Hopkins CSSE (Center for Systems Science and Engineering), τα δεδομένα του οποίου είναι διαθέσιμα εδώ. Μια πολύ καλή σύνοψη της κατάστασης με διάφορες αναλύσεις, π.χ. θνητότητας, δίνει το Our World In Data, ενώ ένας ακόμη αξιόλογος παγκόσμιος χάρτης αναφοράς βρίσκεται στο TrackCorona.

Για τη χώρα μας τα δεδομένα αναφοράς και τα δελτία κατάστασής βρίσκονται στον δικτυακό τόπο του ΕΟΔΥ, ενώ στο gov.gr παρέχονται και οπτικοποιούνται τα τρέχοντα στατιστικά στοιχεία.

Ένα αναλυτικό κέντρο πληροφόρησης με δεδομένα αναφοράς έχει δημιουργήσει και το European Centre for Disease Prevention and Control της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, το οποίο δίνει τακτικές ενημερώσεις για τις Ευρωπαϊκές χώρες. Το σύνολο δεδομένων του ECDC της ΕΕ για πολλές χώρες της Ευρώπης διατίθεται από τον δικό του δικτυακό τόπο.

Χώροι συζήτησης

Ένα forum άμεσης κοινοποίησης των εξελίξεων και των αποτελεσμάτων ερευνών Εργαστηρίων και Μονάδων Υγείας βρίσκεται διαθέσιμο στο Virological.org.

Χρηματοδότηση

Μια “ζωντανή” βάση δεδομένων χρηματοδοτούμενων ερευνητικών έργων σε όλο τον κόσμο που σχετίζονται με την πανδημία βρίσκεται εδώ και παρέχει μια επισκόπηση των ερευνητικών έργων που έχουν αντιστοιχιστεί με τις προτεραιότητες του οδικού χάρτη του ΠΟΥ για τον συντονισμό της παγκόσμιας έρευνας.

Το επίσημο κέντρο πληροφόρησης της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για τις προσκλήσεις έργων στον τομέα της Έρευνας και Καινοτομίας κατά του COVID-19 βρίσκεται εδώ, ενώ σε ιστοσελίδα του Εuropean Research Area υπάρχουν όλες οι ενημερώσεις που αφορούν το πως επηρεάζονται από τον κορωνοϊό οι προσκλήσεις ερευνητικών έργων.

Η Frontiers έχει δημιουργήσει ένα ευρετήριο, όπου συγκεντρώνει τις διάφορες προσκλήσεις ερευνητικών έργων που χρηματοδοτούν δημόσιοι και ιδιωτικοί φορείς.

Ένας ακόμη κόμβος πληροφόρησης για την πρόοδο των πάσης φύσεως ερευνητικών προσκλήσεων βρίσκεται στο Research Professionals.

Φαρμακευτική πληροφορία

Στην πλατφόρμα  AdisInsight του εκδότη Springer μπορείτε να έχετε δωρεάν πρόσβαση σε προφίλ φαρμάκων και σε κλινικές δοκιμές για τον κορωνοϊό. Στην είσοδο της πλατφόρμας απαιτείται εγγραφή, η οποία είναι δωρεάν.

Αντίστοιχα, πληροφορίες δίνει και η βάση BioWorld της Cortellis με πίνακες για (α) υπό ανάπτυξη εμβόλια και θεραπευτικά μέσα, (β) διαγνωστικά εργαλεία, είτε στην αγορά είτε υπό ανάπτυξη, και (γ) κλινικές δοκιμές βιοφαρμακευτικών προϊόντων που επηρεάζονται από το COVID-19.

Το Liverpool Drug Interaction Group, μαζί με το University Hospital of Basel της Ελβετίας and Radboud UMC της Ολλανδίας, έχει δημιουργήσει μια μικρή συλλογή με αναφορές συνδυασμών φαρμάκων για τον κορωνοϊό.

Το BenchSci παρέχει μια -προσωρινά- αυτοσχέδια βάση στοιχείων στο GoogleDocs για αντιδραστήρια.

Συστήματα ομότιμης κρίσης

Για να επισπευθεί η διαδικασία αξιολόγησης επιστημονικών άρθρων οι μη κερδοσκοπικοί φορείς Outbreak Science και Code for Science & Society, υποστηριζόμενοι από το Wellcome Trust, δημιούργησαν την πλατφόρμα Outbreak Science Rapid PREreview, όπου ερευνητές μπορούν (α) να βρίσκουν προδημοσιεύσεις και τις αξιολογήσεις τους σε θεματικά αποθετήρια, όπως το bioRxiv και το medRxiv, (β) να ζητήσουν να αξιολογηθούν με γρήγορο και δομημένο τρόπο προδημοσιεύσεις που οι ίδιοι έχουν αναρτήσει και (γ) να κρίνουν οι ίδιοι προδημοσιεύσεις και να συνεισφέρουν στη βελτίωση των ερευνών.

Πηγές άλλων επιστημών

Μια πύλη για την καταγραφή των ερευνητικών έργων στους τομείς των κοινωνικών και ανθρωπολογικών μελετών είναι το World Pandemic Research Network.

Το Centre for Mathematical Modelling of Infectious Diseases έχει δημιουργήσει μια ενότητα με εργασίες για τη μαθηματική μοντελοποίηση της διάδοσης του ιού. Το δε αποθετήριο SSRN παρέχει πληροφόρηση για διάφορες άλλες όψεις της εκδήλωσης της πανδημίας του ιού, όπως την κοινωνιολογική, εκπαιδευτική, διοικητική, κλπ.

Αντίστοιχα, ένα κέντρο πληροφόρησης για τις οικονομικές επιπτώσεις της πανδημίας του κορωνοϊού έχει δημιουργήσει ο oίκος πιστοληπτικής αξιολόγησης Moody’s, ενώ ανοικτές διατηρεί τις δημοσιεύσεις του γι’ αυτο το θέμα το Harvard Business Review.

Το Παγκόσμιο Οικονομικό Φόρουμ έχει δημιουργήσει μια οπτικοποιημένη μηχανή πλοήγησης στην αρθρογραφία του COVID-19, με έμφαση στις επιπτώσεις του στην εργασία, τις μετακινήσεις, το εμπόριο, κ.ο.κ.

Εργαλεία πρόσβασης σε βιβλιογραφία

Υπενθυμίζεται πως ο Σύνδεσμος Ελληνικών Ακαδημαϊκών Βιβλιοθηκών υποστηρίζει την υπηρεσία διαδανεισμού ιατρικών άρθρων ΔΙΑΔΟΣΙΣ, η οποία δίνει τη δυνατότητα στο προσωπικό των Μονάδων Υγείας που είναι εγγεγραμμένες στο δίκτυο του GR-NET να αιτούνται το πλήρες κείμενο των επιστημονικών άρθρων που θεωρούν απαραίτητα για τη διεξαγωγή της ερευνητικής τους δραστηριότητας. Εάν κάποια νοσοκομειακή μονάδα δεν ανήκει στο εν λόγω δίκτυο, τότε μπορεί να εξυπηρετείται από την “αδελφή” υπηρεσία NILDE, στην οποία οι Μονάδες Υγείας αυτές θα πρέπει να δημιουργήσουν λογαριασμό στο σύστημα και να επιφορτίσουν τον βιβλιοθηκονόμο τους ή, αν δεν διαθέτουν, έναν διοικητικό υπάλληλο, για να καταθέτει τα αιτήματα βιβλιογραφίας. Και στις δύο περιπτώσεις, οι εξυπηρετούμενες Μονάδες Υγείας αναγνωρίζουν ότι τα αιτήματα ικανοποιούνται σύμφωνα με τον κανονισμό λειτουργίας των υπηρεσιών.