Τα φαινόμενα έξαρσης της πανδημίας του κορωνοϊού COVID-19 έχουν οδηγήσει πολλούς εκδότες επιστημονικής πληροφόρησης να ανοίξουν -έστω παροδικά- επιστημονικά άρθρα που εστιάζουν σε αυτόν τον ιό. Παράλληλα, ανοικτές υπηρεσίες και υποδομές πλαισιώνουν με τον τρόπο τους την αξιόπιστη πληροφόρηση στην οποία πρέπει να έχουν οι ερευνητές. Πλέον η κάθε νέα προσθήκη επισημαίνεται με μπλε ετικέτα, ενώ ο μέσος όρος χρόνου ανάγνωσης της ιστοσελίδας είναι 8,5 λεπτά.

Εκδοτικοί οίκοι

H Clarivate Analytics, δημιουργός του Web of Science, έχει δημιουργήσει ειδική ιστοσελίδα για τον κορωνοϊό με άρθρα, πηγές και νέα. Παράλληλα, το ερευνητικό της τμήμα συνέταξε μια σύντομη αναφορά σχετικά με τον κορωνοϊό για τους ερευνητές των Επιστημών Υγείας. Αντίστοιχες υπηρεσίες ενημέρωσης και ελεύθερης πρόσβασης σε άρθρα έχουν δημιουργήσει:
Covid by CDC/ Alissa Eckert, MS; Dan Higgins, MAMS

Βάσεις δεδομένων και αποθετήρια

H National Library of Medicine έχει δημιουργήσει σχετική ενότητα στην ιστοσελίδα της, στην οποία υπάρχουν -ενδεικτικά- πηγές για κλινικές δοκιμές και βιβλιογραφία για τις επείγουσες συνθήκες δημόσιας υγείας, ενώ στο αποθετήριο ερευνητικών δεδομένων GemBank, οι ερευνητές μπορούν να ‘κατεβάζουν’ ερευνητικά δεδομένα. Στην PubMed μια σχετική αναζήτηση για άρθρα σε πλήρη μορφή και με ελεύθερη πρόσβαση επιστρέφει 820 άρθρα (τελευταία ενημέρωση 10:27, 6 Απριλίου 2020).

Για να βοηθήσει τους ερευνητές να αναζητούν ταυτόχρονα ελεύθερα άρθρα για το θέμα από πολλές και διαφορετικές πηγές, τo ScienceOpen έχει δημιουργήσει τη θεματική συλλογή Novel Coronavirus Disease COVID-19. Αυτή τη στιγμή (τελευταία ενημέρωση 10:26, 6 Απριλίου 2020) έχουν συγκεντρωθεί 2919 επιστημονικά άρθρα, εκ των οποίων κάποια είναι προ-δημοσιεύσεις (pre-prints) σε ερευνητικά αποθετήρια, βλ. medRxiv και bioRxiv.

Μια ακόμη αξιόλογη προσπάθεια συγκομιδής πηγών, αλλά και ενημερωτικών άρθρων, έχει δημιουργήσει το Scitrus, μια εφαρμογή της Atypon που βασίζεται στην τεχνητή νοημοσύνη και προσομοιάζει των χρονολογίων των μέσων κοινωνικής δικτύωσης.

Το Centre for Agriculture and Bioscience International παρέχει πρόσβαση σε 17.000 εγγραφές που ευρετηριάζει στη βάση Global Health και στις περιλήψεις εργασιών της. Παρ’ ότι ο τρόπος πρόσβασης απαιτεί κωδικό, η υπηρεσία διαθέτει ελεύθερα τον κωδικό CV4Y85D5JG9 για πρόσβαση στο περιεχομενό αυτό για τρεις μήνες. Περισσότερες πληροφορίες για τον τρόπο πρόσβασης υπάρχουν στη σχετική ιστοσελίδα.

Η βάση δεδομένων BioOne Complete παρέχει πρόσβαση σε πάνω από 200 άρθρα επιστημονικών περιοδικών που ευρετηριάζει.

Η βάση δεδομένων protocols.io έχει επίσης δημιουργήσει μια κοινότητα όπου αναρτώνται ερευνητικά πρωτόκολλα, τα οποία αξιολογούνται από ειδικούς και αναλόγως προτείνονται ή απορρίπτονται.

Υπολογιστικές υποδομές

Το Research Infrastructures and COVID-19 Research είναι ένα σημείο συγκέντρωσης των Ευρωπαϊκών ερευνητικών υποδομών, οι οποίες διαθέτουν υπολογιστικούς πόρους, υπηρεσίες και εργαλεία σε ερευνητές άλλων ομάδων για την εκτέλεση εργασιών ανάλυσης δεδομένων κατά του κορωνοϊου.

Το Jack Ma Foundation και το Alibaba Foundation ίδρυσαν από κοινού το πρόγραμμα Global MediXchange για την καταπολέμηση του COVID-19, με την υποστήριξη του Alibaba Cloud Intelligence και του Alibaba Health. Στο Global MediXchange οι ερευνητές μπορούν (α) να κατεβάσουν το «Handbook of COVID-19 Prevention and Treatment», ένα πλήρες εγχειρίδιο νοσοκομιακής διαχείρισης από Κινέζους ιατρούς και νοσηλευτές που εργάζονται σε περιοχές έξαρσης του ιού, (β) να βρουν μια εφαρμογή για την επικοινωνία ερευνητών και νοσοκομιακού προσωπικού σε παγκόσμιο επίπεδο, και (γ) να ζητήσουν πρόσβαση σε ένα σύνολο προηγμένων υπολογιστικών συστημάτων για την επιτάχυνση της ανάπτυξης φαρμάκων και εμβολίων και τη βελτίωση της διαγνωστικής απεικόνισης και τον εντοπισμό του ιού.

Συστηματικές επισκοπήσεις

Δύο ενότητες άρθρων και πιο συγκεκριμένα συστηματικών επισκοπήσεων (systematic reviews) παρέχει η Cochrane Library με την πρώτη να ονομάζεται Coronavirus (COVID-19): evidence relevant to critical care και τη δεύτερη Coronavirus (COVID-19): infection control and prevention measures.

Η πλατφόρμα Covidence δίνει πρόσβαση στους ερευνητές στις συστηματικές της επισκοπήσεις, αφού όμως πρώτα επικοινωνήσουν με το email support@covidence.org για την παροχή δωρεάν πρόσβασης.

Πρότυπα

Ο Ελληνικός Οργανισμός Τυποποίησης (ΕΛΟΤ) διαθέτει, χωρίς χρέωση και για περιορισμένο χρονικό διάστημα, πρότυπα που αφορούν μέσα ατομικής προστασίας και ιατροτεχνολογικό εξοπλισμό, π.χ. μάσκες, ιατρικά γάντια και προστατευτικό εξοπλισμό. Τα διαθέσιμα πρότυπα βρίσκονται σε ιστοσελίδα του ΕΛΟΤ και αποστέλλονται μετά από μετά από αίτημα στο sales [at] elot [dot] gr.

Βίντεο και εικόνες

Ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας έχει δημιουργήσει ένα κανάλι ανοικτών και δωρεάν μαθημάτων για τους επαγγελματίες και ερευνητές του κλάδου υγείας. Για να εγγραφεί κάποιος σε κάποιο μάθημα, όπως ενδεικτικά το «WHO Critical Care Severe Acute Respiratory Infection Training», χρειάζεται απλά να δημιουργήσει έναν κωδικό στην πλατφόρμα του Π.Ο.Υ.

To Protein Data Bank έχει δημιουργήσει μια ενότητα με εικονογραφήσεις και τρισδιάστατες μοντελοποιήσεις μοριακών δομών για την κατανόηση του COVID-19 και την αντιμετωπισή του.

Ερευνητικά δεδομένα

Το WikiData έχει δημιουργήσει το δικό του -περιεκτικό- κέντρο πληροφόρησης για τα ερευνητικά δεδομένα αναφορικά με τον COVID-19.

Πλήθος ερευνητικών δεδομένων επιδημιολογίας διαθέτει δωρεάν, αλλά κατόπιν εγγραφής στο συστημά του, το GISAID Initiative, Global Initiative on Sharing All Influenza Data, απ’ όπου προέρχεται και η εικόνα (η οπτικοποίηση έγινε με το ανοικτό λογισμικό Nextstrain).

Το ZB MED – Information Centre for Life Sciences έχει δημιουργήσει έναν «περιηγητή» γονιδιώματος (genome browser) που επιτρέπει σε κάποιον να εξερευνήσει την ακολουθία  του στελέχους SARS-CoV-2 wuhCor1 (NC_045512v2), ενώ παράλληλα διαθέτει και μηχανισμούς για την εξερεύνηση στοιχισμένων ακολουθιών.

Ένα σύνολο δεδομένων, το οποίο ενημερώνεται δυναμικά, από το Korea Centers for Disease Control & Prevention της Νότιας Κορέας βρίσκεται διαθέσιμο εδώ, ενώ ένα αντίστοιχο για την Ιαπωνία είναι αυτό, το οποίο τροφοδοτεί την οπτικοποίηση για την καταγραφή των κρουσμάτων στη χώρα.

Στην ελεύθερη έκδοση της βάσης δεδομένων Dimensions δίνονται σύνδεσμοι προς χιλιάδες άρθρα, αλλά το πιο σημαντικό χαρακτηριστικό είναι η συγκομιδή ερευνητικών δεδομένων από διάφορα αποθετήρια, όπως το FigShare και το Zenodo. Παρόμοια συλλογή ερευνητικών δεδομένων διαθέτει και η πλατφόρμα Lens στο Human Coronaviruses Data Initiative.

Ερευνητές Πανεπιστημίων εγνωσμένης αξίας (βλ. Harvard Medical School, University of Oxford, Institut Paster, κοκ) έχουν αναρτήσει στο GDrive ένα αρχείο δεδομένων με εργαστηριακά επιβεβαιωμένες περιπτώσεις ασθενείας, το οποίο περιγράφουν σε επιστολή τους προς το περιοδικό The Lancet.

Επίσης, ένα αρχείο δεδομένων με γενετικές ακολουθίες για τον κορωνοϊό που έχει δημιουργήσει το National Center for Biotechnology Information βρίσκεται στο Wolfram Data Repository, το οποίο μάλιστα έχει δημιουργήσει το δικό του κέντρο ενημέρωσης.

Ερευνητές μηχανικής μάθησης έχουν δημιουργήσει ένα δυναμικό σύστημα προσομοίωσης των κρουσμάτων του ιού με βάση το επιδημιολογικό μοντέλο SEIR (Susceptible → Exposed → Infected → Removed).

Ένα σώμα κειμένων με πάνω από 29.000 επιστημονικά άρθρα για τον κορωνοϊό, συμπεριλαμβανομένων πάνω από 13.000 με πλήρες κείμενο, έχει συλλεχθεί από διάφορες πηγές και παρέχεται ενιαία από το Allen Institute for AI.  Αυτό το σώμα κειμένων, που θα ενημερώνεται εβδομαδιαίως, προορίζεται να κινητοποιήσει τους ερευνητές για να εφαρμόσουν καινοτόμες τεχνικές εξόρυξης πληροφορίας και να παράξουν νέες ιδέες για την υποστήριξη της καταπολέμησης της μολυσματικής αυτής νόσου. Μαζί παρέχονται διάφορα εργαλεία εξόρυξης πληροφορίας. Με βάση αυτό το σύνολο δεδομένων, ερευνητές του Ερευνητικού Κέντρου «Αθηνά» παρέχουν μέσα από το εργαλείο BIP! Finder for CoVID-19 μια αξιολογική κατάταξη των εργασιών με βάση δείκτες βραχυχρόνιας και μακροχρόνιας απήχησης.

Χάρτες αναφοράς και δελτία κατάστασης

Αντίστοιχοι χάρτες αναφοράς με αυτόν που έχει ενσωματωμένο το GISAID διαθέτει ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας, ο οποίος μεταξύ πολλών άλλων δίνει ημερήσια δελτία της κατάστασης, το Τμήμα Πολιτικής Προστασίας της ιταλικής κυβέρνησης για την Ιταλία που έχει τα περισσότερα Ευρωπαϊκά κρούσματα και το John Hopkins CSSE (Center for Systems Science and Engineering), τα δεδομένα του οποίου είναι διαθέσιμα εδώ. Ένας ακόμη παγκόσμιος χάρτης αναφοράς βρίσκεται στο TrackCorona.

Ένα αναλυτικό κέντρο πληροφόρησης με δεδομένα αναφοράς έχει δημιουργήσει και το European Centre for Disease Prevention and Control της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, το οποίο δίνει τακτικές ενημερώσεις για τις Ευρωπαϊκές χώρες. Το σύνολο δεδομένων του ECDPC της ΕΕ για πολλές χώρες της Ευρώπης διατίθεται μέσα από το EU Open Data Portal εδώ.

Ενημερώσεις δίνουν επίσης το Chinese Center for Disease Control and Prevention, αλλά και το Υπουργείο Υγείας της Σιγκαπούρης. Μια πολύ καλή σύνοψη της κατάστασης με διάφορες αναλύσεις, π.χ. θνητότητας, δίνει το Our World In Data.

Χώροι συζήτησης

Ένα forum άμεσης κοινοποίησης των εξελίξεων και των αποτελεσμάτων ερευνών Εργαστηρίων και Μονάδων Υγείας βρίσκεται διαθέσιμο στο Virological.org.

Χρηματοδότηση

Το επίσημο κέντρο πληροφόρησης της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για τις προσκλήσεις έργων στον τομέα της Έρευνας και Καινοτομίας κατά του COVID-19 βρίσκεται εδώ.

Η Frontiers έχει δημιουργήσει ένα ευρετήριο, όπου συγκεντρώνει τις διάφορες προσκλήσεις ερευνητικών έργων που χρηματοδοτούν δημόσιοι και ιδιωτικοί φορείς.

Αντίστοιχη υπηρεσία ευρετηρίασης ανοικτών προσκλήσεων χρηματοδότησης για έρευνα κατά του κορωνοϊού έχει δημιουργήσει και το Science | Business.

Το European Open Science Cloud έχει επίσης ένα ανοικτό κάλεσμα για την υποβολή προτάσεων που θα αξιολογηθούν τάχιστα και που θα εστιάζουν στη ανοικτή διάδοση δεδομένων, μεθοδολογιών και υποδομών για την καταπολέμηση του κορωνοϊού.

Φαρμακευτική πληροφορία

Παράλληλα, μια ενημέρωση για το πως ο φαρμακευτικός κλάδος ανταποκρίνεται στην κρίση του κορωνοϊού, με δυναμικά επικαιροποιημένα στοιχεία από τη βάση δεδομένων Pharma Intelligence της Informa, βρίσκεται στο «Fact File: Coronavirus Pipeline And Corporate Updates».

Αντίστοιχα, πληροφορίες δίνει και η βάση BioWorld της Cortellis με πίνακες για (α) υπό ανάπτυξη εμβόλια και θεραπευτικά μέσα, (β) διαγνωστικά εργαλεία, είτε στην αγορά είτε υπό ανάπτυξη, και (γ) κλινικές δοκιμές βιοφαρμακευτικών προϊόντων που επηρεάζονται από το COVID-19.

Το Liverpool Drug Interaction Group, μαζί με το University Hospital of Basel της Ελβετίας and Radboud UMC της Ολλανδίας, έχει δημιουργήσει μια μικρή συλλογή με αναφορές συνδυασμών φαρμάκων για τον κορωνοϊό.

Το BenchSci παρέχει μια -προσωρινά- αυτοσχέδια βάση στοιχείων στο GoogleDocs για αντιδραστήρια, ενώ έως τις αρχές Μαϊού διοργανώνει διαδικτυακά σεμινάρια για την ενημέρωση των ερευνητών.

Συστήματα ομότιμης κρίσης

Για να επισπευθεί η διαδικασία αξιολόγησης επιστημονικών άρθρων οι μη κερδοσκοπικοί φορείς Outbreak Science και Code for Science & Society, υποστηριζόμενοι από το Wellcome Trust, δημιούργησαν την πλατφόρμα Outbreak Science Rapid PREreview, όπου ερευνητές μπορούν (α) να βρίσκουν προδημοσιεύσεις και τις αξιολογήσεις τους σε θεματικά αποθετήρια, όπως το bioRxiv και το medRxiv, (β) να ζητήσουν να αξιολογηθούν με γρήγορο και δομημένο τρόπο προδημοσιεύσεις που οι ίδιοι έχουν αναρτήσει και (γ) να κρίνουν οι ίδιοι προδημοσιεύσεις και να συνεισφέρουν στη βελτίωση των ερευνών.

Πηγές άλλων επιστημών

Το Centre for Mathematical Modelling of Infectious Diseases έχει δημιουργήσει μια ενότητα με εργασίες για τη μαθηματική μοντελοποίηση της διάδοσης του ιού. Το δε αποθετήριο SSRN παρέχει πληροφόρηση για διάφορες άλλες όψεις της εκδήλωσης της πανδημίας του ιού, όπως την κοινωνιολογική, εκπαιδευτική, διοικητική, κλπ.

Αντίστοιχα, ένα κέντρο πληροφόρησης για τις οικονομικές επιπτώσεις της πανδημίας του κορωνοϊού έχει δημιουργήσει ο oίκος πιστοληπτικής αξιολόγησης Moody’s, ενώ ανοικτές διατηρεί τις δημοσιεύσεις του γι’ αυτο το θέμα το Harvard Business Review.

Το Παγκόσμιο Οικονομικό Φόρουμ έχει δημιουργήσει μια οπτικοποιημένη μηχανή πλοήγησης στην αρθρογραφία του COVID-19, με έμφαση στις επιπτώσεις του στην εργασία, τις μετακινήσεις, το εμπόριο, κ.ο.κ.

Εργαλεία πρόσβασης σε βιβλιογραφία
Λογότυπο ΔΙΑΔΟΣΙΣΥπενθυμίζεται πως ο Σύνδεσμος Ελληνικών Ακαδημαϊκών Βιβλιοθηκών υποστηρίζει την υπηρεσία διαδανεισμού ιατρικών άρθρων ΔΙΑΔΟΣΙΣ, η οποία δίνει τη δυνατότητα στο προσωπικό των Μονάδων Υγείας που είναι εγγεγραμμένες στο δίκτυο του GR-NET να αιτούνται το πλήρες κείμενο των επιστημονικών άρθρων που θεωρούν απαραίτητα για τη διεξαγωγή της ερευνητικής τους δραστηριότητας. Εάν κάποια νοσοκομειακή μονάδα δεν ανήκει στο εν λόγω δίκτυο, τότε μπορεί να εξυπηρετείται από την «αδελφή» υπηρεσία NILDE, στην οποία οι Μονάδες Υγείας αυτές θα πρέπει να δημιουργήσουν λογαριασμό στο σύστημα και να επιφορτίσουν τον βιβλιοθηκονόμο τους ή, αν δεν διαθέτουν, έναν διοικητικό υπάλληλο, για να καταθέτει τα αιτήματα βιβλιογραφίας. Και στις δύο περιπτώσεις, οι εξυπηρετούμενες Μονάδες Υγείας αναγνωρίζουν ότι τα αιτήματα ικανοποιούνται σύμφωνα με τον κανονισμό λειτουργίας των υπηρεσιών.
Σημαντική σημείωση: Οι εκδοτικοί οίκοι μπορούν να ανακαλέσουν οποτεδήποτε θελήσουν την ελεύθερη πρόσβαση στο περιεχόμενο που διαθέτουν και συνεπώς να χαθεί όπου δεν καλύπτεται από συνδρομές του ΣΕΑΒ ή της ΒΚΠ.

Φωτογραφία άρθρου: Public Health Image Library, CDC/ Alissa Eckert, MS; Dan Higgins, MAMS.